Velkoadmirál Thrawn zasazuje Nové republice jeden zdrcující úder za druhým. Jeho hlavním trumfem jsou klonovaní vojáci, které získal díky technologii nalezené v císařově tajné pevnosti. Republikové armádě tváří v tvář přesile Impéria zbývá poslední naděje – vyslat malou jednotku do pevnosti, v níž se nacházejí Thrawnovy klonovací stroje. Tam však číhá hrozivý Temný Jedi C’baoth, jenž řídí bitvu proti povstalcům a sbírá síly, aby mohl završit svůj plán zničit Luka Skywalkera.